Dokumen setebal 500 halaman, tertanggal 2006 hingga 2009, menyertakan laporan rinci tentang aksi mata-mata terhadap masyarakat sipil oleh militer Indonesia serta perspektif militer atas masalah sosial dan politik di Papua. Sebagian besar berasal dari Kopassus, elit tempur TNI, dan Kodam Cenderawasih di Jayapura, ibu kota provinsi Papua. Laporan itu berisi rapat internal, presentasi, alat pendidikan, dan produk-produkintelejen seperti laporan harian dan triwulan Kopassus, hingga dokumen status Papua di bawah hukum internasional. Dokumen terpisah menjelaskan operasi intelijen pada 2011, yang mengindikasikan aksi mata-mata terus berlanjut.
“Dokumen Kopassus menunjukkan paranoid mendalam dari militer Indonesia di Papua yang menyingkap pandangan politik damai dianggap tindak pidana,” kata Elaine Pearson, wakil direktur Asia dari Human Rights Watch. “Sangat disayangkan, dalam suatu negara demokratis modern seperti Indonesia, para aktivis, pendeta, mahasiswa, dan politisi menjadi target intelijen militer.”
Akses ke Papua dikontrol sangat ketat. Hanya sedikit jurnalis asing serta peneliti hak asasi manusia yang dapat berkunjung secara bebas tanpa dimata-matai kegiatannya. Secara resmi, Kopassus beroperasi di Papua untuk mengawasi dan menangkal gerakan separatis Papua, Organisasi Papua Merdeka, yang menggalakkan perlawanan bersenjata melawan pemerintah Indonesia sejak 1960-an. Human Rights Watch telah sejak lama mendokumentasikan sejarah kekerasan oleh aparat keamanan Indonesia di Papua, termasuk pembunuhan, penghilangan paksa, penyiksaan, serta penangkapan serta penahanan sewenang-wenang.
Dokumen ini menunjukkan bahwa fokus operasi militer Indonesia di Papua hanya sedikit menyasar gerilyawan OPM, justru cakupannya lebih luas terhadap aktivis politik Papua, masyarakat adat, pemimpin agama, serta kelompok masyarakat sipil.
Dugaan bahwa pemerintah dan militer Indonesia lebih takut terhadap kegiatan “politik separatis”damai ketimbang kelompok separatis bersenjata terungkap secara eksplisit dari beberapa data dalam dokumen, dan secara implisit lebih banyak lagi, serta diperkuat berulang-kali melalui analisis militer, menurut Human Rights Watch.
Laporan triwulan Kopassus dari Kotaraja,bertanggal Agustus 2007,menyatakan, “Kegiatan politik di Papua sekarang sangat berbahaya jika dibandingkan dengan kegiatan kelompok bersenjata Papua karena akses mereka mencapai luar negeri... (di Jayapura dan kota-kota lain) kelompok politik separatis melakukan kegiatan politik mereka dengan cara demonstasi, konferensi pers, dan pertemuan rahasia.”
“Dengan menganggap konferensi pers, demonstrasi, dan pertemuansebagai kegiatan kriminal tersembunyi, pihak militer menunjukkan sikap tidak peduli terhadap hak-hak fundamental di Papua,”kata Pearson. “Pihak militer seharusnya mengakhiri aksi mata-mata dan menindas masyarakat sipil.”
Laporan menunjukkan bahwa Kopassus percaya organisasi-organisasi nonpemerintah sedang menyudutkan pemerintah Indonesia dan pihak militer, termasuk menggunakan “isu hak asasi manusia”untuk menyingkirkan kehadiran militer di Papua dan mempromosikan kemerdekaan di Papua. Menurut laporan triwulan Kopassus pada April 2007 dari Kotaraja:
Dalam usahamereka untuk melepaskan diri dari Indonesia, kelompok politik separatis ini melakukan kegiatan yang sengaja menekan pemerintah pusat:... menyebarkan isu-isupelanggaran hak asasi manusia mencolok di Papua– pembunuhan, penghilangan paksa oleh aparat keamanan, sebagai cara menuntut pemerintah agar menarik polisi dan militer non-organik dari Papua; dan membuat klaim sehingga PBB melihat dan mendengar apa yang mereka (organisasi non-pemerintah) laporkan.
“Militer Indonesia menganggap bahwa mendokumentasikan pelanggaran hak asasi manusia di Papua adalah bagian dari separatisme,” kata Pearson. “Itu adalah pola pikir yang mengancam nyawa setiap aktivis di Papua.”
Beberapa nama yang tercantum dalam dokumen sebagai subjek intelijen telah ditangkap, ditahan, disiksa, dan diperlakukan dengan kejam. Contohnya, aktivis pro-kemerdekaan Buchtar Tabuni yang dihukum tiga tahun penjara karena “menghasut kebencian”terhadap pemerintah Indonesia atas perannya dalam memimpin demonstrasi damai dimana bendera-bendera kecil Bintang Kejora, simbol kemerdekaan Papua yang dilarang pemerintahIndonesia, dibentangkan.
Kegiatan mata-mata di Papua boleh jadi makin luas di Papua dan daerah lain di Indonesia bila draf undang-undang intelejen disahkan DPR, menurut Human Rights Watch. Rancangan Undang-undang versi Desember 2010memberi kewenangan Badan Intelijen Negara untuk “mencegah, menghalangi, dan menanggulangi”ancaman tak terlihat yang dapat membahayakan “stabilitas nasional,”dengan sedikit pengawasan. Undang-undang ini akan memberi izin peningkatan pengawasan oleh intelijen dan pihak keamanan terhadap aktivis politik di wilayah dengan sejarah pemberontakan seperti Aceh, Maluku, dan Papua.
Kegiatan mata-mata militer,yang terungkap jelas dalam dokumen internal,terkait erat dengan pelanggaran hak kebebasan berekspresi, berkumpul, dan berserikat. Selama beberapa dekade, aktivis-aktivispolitik damai yang memimpin atau berpartisipasi dalam demonstrasi kemerdekaan, mengibarkan bendera Bintang Kejora, atau turut berperan dalam aktivitas damai lain, menghadapi tuntutan (https://www.hrw.org/reports/2010/06/23/prosecuting-political-aspiration-0) dan hukuman lama di penjara (https://www.hrw.org/reports/2007/02/20/protes-dan-hukuman-1) dengan pasal “makar” atau “menghasut kebencian”(haatzai artikelenalias pasal karet). Mereka yang ditangkap seringkali disiksa atau menerima beragam bentuk perlakuan kejam di tahanan, seperti didokumentasikan Human Rights Watch.
Kovenan Internasional Hak-HakSipil dan Politik, yang diratifikasi pemerintah Indonesia, melindungi hak kebebasan untuk berkumpul, berekspresi, dan berserikat, serta hak mendapatkan privasi. Melakukan kegiatan mata-mata terhadap individu dengan berbagai hakasasi yang dimilikinya, tanpa ada surat perintah pengadilan dan tiada barang bukti yang kredibel, sudah tentu melanggar hak-hak tersebut.
Laporan militer menunjukkan bahwa warga asing di Papua juga jadi subjek mata-mata dan biasanya diawasi dengan pandangan curiga. Mereka dianggap membantu gerakan separatis melalui pendanaan, dukungan moral, dan dokumentasikondisi kemiskinanatau pelanggaran hak asasi manusia untuk mendiskreditkan Indonesia di dunia internasional. Salah satu dokumen berisi daftar politisi, pegawai pemerintah, akademisi, dan jurnalis luar negeri yang dianggap mendukung gerakan kemerdekaan Papua dan dianggap melakukan “internasionalisasi” tentang “masalah Papua.”
“Dokumen militer memberi kesan bahwa tindakpenyiksaan terhadap mereka yang diduga pendukung separatis di Papua bukan sekadar aksi dalam pandangan rutin tentara, tapi mencerminkan kecurigaan luar biasa terhadap penduduk lokal,”kata Pearson.
Rincian lengkap dari dokumen-dokumen ini bisa dibaca di bawah. Human Rights Watch tidak mengambil posisi dalam klaim separatisme, tapi mendukung hak semua individu, termasuk pendukung kemerdekaan, untuk mengungkapkan pandangan politik secara damai tanpa ketakutan atau ditangkap atau menerima bentuk-bentukaksi balasan.

Dokumen Militer Papua
Tipe Dokumen dan Keasliannya
Dokumen internal militer setebal kira-kira 500 halaman, yang didapatkan Human Rights Watch,berisidaftar agen Kopassus; daftar informan yang bekerja di hotel, media, organisasi non-pemerintah, gereja; kantor polisi dan militer, partai politik, dan DPR Papua; daftar agen di kepolisian dan militer; daftar beberapa kepala suku yang direkrut Kopassus untuk menjadi “pro-Indonesia,”dan daftar aktivis Papua. Pernyataan dalam dokumen ini tak bisa hanya dengan percaya begitu saja, karena Kopassus boleh jadi melebih-lebihkan resiko yang disebabkan masyarakat sipil dan cakupan kegiatan mereka di Papua, menurut Human Rights Watch. Namun dokumen menunjukkan aksi mata-mata militer terhadap masyarakat sipil di Papua sudah tersebar luas. Termasuk, sebagai contoh, laporan harian dan triwulan yang menggambarkan aksi intelijen Kopassus terhadap pemimpin gereja, aktivis mahasiswa, anggota masyarakat adat, dan figur organisasi non-pemerintah. Sebuah dokumen Kopassus Unit 81/Anti-Teror menjelaskan bagaimana seorang letnan berpartisipasi dalam upacara tradisional, pelayanan gereja, dan kegiatan-kegiatan sipil di beberapa daerah di Puncak Jaya. Analisis Februari 2008 menerangkan aksi mata-mata terhadap turis luar negeri. Dokumen lain berisi panduanuntuk laporan serta produksi intelijen, termasuk kalimat kode, rute melarikan diri, bagaimana mengenali informan, dan rotasi intelijen. Dokumen-dokumen itu juga termasuk dokumen 97 halaman berjudul “Anatomi Separatis Papua” (http://images.smh.com.au/file/2011/08/12/2553999/Kopassus2011.pdf) dan dokumen 40 halaman berjudul “Kajian tentang Klaim Kebenaran Historis dari Penentuan Pilihan Bebas,”sebuah makalah tentang status Papua di bawah hukum internasional yang ditulis pada 2008 atau setelahnya. Beberapa dokumen ini sudah bisa diakses via online di Indonesia, beberapa diterbitkan dan dianalisis oleh jurnalis Allan Nairn pada November 2010, beberapa dokumen tersisa dianalisisharian Sydney Morning Herald pada 13 Agustus 2011. Dokumen terlihat otentik. Orang yang mempelajari dokumen militer Indonesia percaya bahwa dokumen itu asli, mengatakan bahwa format, gaya, dan isinya konsisten dengan dokumen TNI lain. Militer Indonesia tak menyangkal keaslian dokumen ini setelah Nairn mempublikasikan artikelpada bulan November.
Secara terpisah, surat tertanggal 30 April 2001, dari komandan di Papua, Mayor Jenderal Erfi Triassunu, kepada Gubernur Barnabas Suebu, menunjukkan penyusupan militer terhadap masyarakat sipil terus berlangsung. Surat itu menuduh Gereja Kemah Injil atau Gereja Kingmiberusaha membangun organisasi eksklusif berdasarkan etnisitas di Papua, yang dalam pandangan Mayjen Triassunu dianggap gerakan separatispotensial, dan menyarankan militer memediasi konflik antara Gereja Kingmi dan Gereja Kemah Injil Indonesia. Surat itu juga mendesak jika mediasi tak bisa menyelesaikan konflik, “tindakan sesegera mungkin”harus diambil. Setelah surat ini terekspos, Mayjen Triassunu meminta maaf secara terbuka (http://newmatilda.com/2011/07/25/indon-army-backs-down-threat-letter) karena menuduh gereja sebagai organisasi separatis, mengklaim bahwa beberapa orang gereja telah meminta bantuan militer.
Aksi Mata-mata terhadap Organisasi Nonpemerintah dan Masyarakat Sipil
Dokumen Kopassus berisi daftar masyarakat sipil yang dianggap “musuh,”menyamakan kegiatan politik tanpa kekerasan serta kerja-kerjahak asasi manusia dengan ancaman separatis bersenjata. Dokumen “Anatomi Separatis Papua”dan “Laporan Harian Kopassus – Kotaraja”menyebutkan lebih dari 100 nama warga sipil Papua yang menjadi anggota dari berbagai organisasi, termasuk Dewan Adat Papua, Dewan Pemerintahan Adat Papua, Komite Khusus Papua, Penjaga Tanah Papua, Kelompok Bintang14, dan Otoritas Nasional Papua Barat, serta intelektual Papua seperti Pendeta Benny Giay, Pendeta Herman Awom, Fadhal al Hamid, dan Albert Kailele, dan sebagainya. Beberapa orang yang disebut dalam dokumen telah mengalami penangkapan sewenang-wenang, penyiksaan, dan kekerasan. Karena akses ke Papua dibatasiketat, sangat susah untuk memverifikasi beberapa klaim penyiksaan atau menginvestigasi insidenitu. Demikian juga, boleh jadi ada kesalahan laporan atau pelanggaran hak asasi yang belum dilaporkan. Contohnya, Buchtar Tabuni, pendiri Komite Nasional Papua Barat yang dihukum 3 tahun penjara karena “menghasut kebencian”terhadap pemerintah Indonesia, disebut berulang-kali dalam beberapa dokumen. Dokumen-dokumen itu menunjukkan dia dibawah pengawasan ketat sebelum dia menjadi secara politis terlibat aksi protes dan membentuk KNPB. Dia ditangkap pada 3 Desember 2008 setelah memimpin protes atas penembakan seorang saudaranya, Opinus Tabuni.
Orang lain yang namanya disebut adalah sekretaris jenderal Asosiasi Mahasiswa Pegunungan Tengah Papua, Markus Haluk. Dia menerima beberapa kali ancaman mati melalui pesan pendek, penyerangan fisik, dan dilaporkan terus dimata-matai.
Aksi Intelijen terhadap Institusi Agama
Dokumen Kopassus menjelaskan pengawasan terhadap pemimpin dan kegiatan gereja, begitupun terhadap kelompok muslim dan asrama haji di Papua. Pihak militer membenarkan aksi mata-mata itu, dengan alasan bahwa tokoh agama dapat menggunakan pengaruhnya diantara masyarakat adat Papua untuk meningkatkan simpati dan dukungan kepada kelompok separatisdi antara penduduk. Sedikitnya setengah lusin pemimpin agama disebutkan namanya dalam dokumen Kopassus, lengkap dengan latar belakang, kegiatan, dan kesadaran politik mereka. Ini termasuk Pendeta Benny Giay, pemimpin Gereja Kingmi; Pendeta Herman Awom, pemimpin GKII di Papua; Pendeta Socrates Yoman dari Gereja Baptis Indonesia di Papua; dan Beatrix Koibur, kepala Asosiasi Wanita Kristen Indonesia di Papua Barat.
Sebagai contoh, Yoman adalah daftar “target”dalam laporan triwulan Kopassus Kotaraja. Laporan ini menjelaskan beberapa kegiatannya, seperti memimpin seminar, menulis buku tentang Papua, mengadakan konfrensi pers; perjalanannya ke luar negeri; serta orang-orang yang dia temui. Pada Agustus 2010, Yoman secara terbuka mengkritik dengan tuduhan kekejaman militer Indonesia di Puncak Jaya. Kepolisian Jayapura memanggilnya untuk dimintai keterangan dengan tuduhan pencemaran nama baikdan mengancam akan menangkapnya bila dia menolak datang. Tapi setelah video terekspos pada bulan Oktober yang mengkonfirmasi tuduhan penyiksaan militer di Puncak Jaya itu, kasusYoman dihentikan.
Politisi Lokal dan Pemimpin Adat
Politisi lokal dan pemimpin adat juga di bawah mata-mata militer, tulis dokumen Kopassus. Dokumen ini menuduh figur-figuryang setidaknya berperan di balik separatisme, dan yang terburuk mendanai serta memiliki jaringan kepada kelompok gerakan separatisbersenjata. Laporan triwulan Kopassus Kotaraja tertanggal Agustus 2007 menyatakan, “Sebagian besar kelompok politik separatis sudah menjadi bagian dari lembaga-lembaga pemerintahdan memegang peranan penting disana. Lebih lanjut, mereka juga menyusup struktur adat dan membawa kegiatan politik atas nama adat.” Dokumen “Anatomi Separatis Papua” dan “Laporan Harian Kopassus – Kotaraja”  meliputi daftar politisi yang dicurigai militer dengan apa yang disebut sebagai “separatismepolitik,” lengkap dengan informasi biografisdan keterangan kegiatan yang mereka anggap “separatispolitik.” Dokumen “Anatomi Separatis Papua”juga menggambarkan militer Indonesia turut mencurigai Gubernur Suebu dan penerusnya, Izak Hindom, sebagai “separatismepolitik.” Dokumen ini menyatakan para politisi di bawah aksi mata-mata karena mereka dianggap bagian dari jaringan bawah tanah pendukung pro-kemerdekaan. Laporan harian Kopassus Kotaraja mengindikasikan ketakutan Kopassus atas kegiatan pemerintah seperti rapat tertutup di Majelis Rakyat Papua atau di gedung DPRD,yang melibatkan pemimpin adat dan kelompok masyarakat sipil,akan berbuntut dialog nasional dan referendum. Kopassus merekut infroman sipil untuk memata-matai para politisi ini. Sebagai contoh, Kopassus merekrut tetangga Forkorus Yaboisembut, ketua Dewan Adat Papua, guna mengawasi kegiatan Yaboisembut, para tamudan pergerakannya. Pada Agustus 2008, Yaboisembut ditanyai polisi terkait pengibaran bendera Bintang Kejora dalam satu demonstrasi memprotes kematian seorang aktivis. Dia juga menerima ancaman matidan pesan kebencian dari telepon selulermiliknya. Yaboisembut dan kegiatan politiknya dijelaskan dalam “Anatomi Separatis Papua.”Pengajar-cum-agamawan, Agus Alua, juga disebutdalam “Anatomi Separatis Papua.”Alua juga pemimpin Majelis Rakyat Papua. Dia meninggal secara lazim pada bulan April, tapi beberapa tahun sebelum kematiannya, dia berkata sering menerima pesan-pesankebencian dan dimata-matai di kantornya.
Aksi Mata-mata terhadap Warga Asing dan“Internasionalisasi”
Ketakutan akan “internasionalisasi”tentang masalah Papua juga disebutkan dalam beberapa dokumenuntuk membenarkan aksi mata-mata tehadap warga asing di Papua, termasuk kegiatan pariwisata dan pendeta asing. Warga asing di Papua dianggap membantu gerakan separatis melalui pendanaan, dukungan moral, dan dokumentasikondisi kemiskinan atau pelanggaran hak asasi manusia untuk mendiskreditkan Indonesia di dunia internasional. Contohnya, laporan harian Kopassus Kotaraja yang menyatakan, “Dengan kehadiran warga asing dari berbagai profesi di Kotaraja, bisa jadi mereka mempunyai tujuan khusus dalam membantu gerakan separatis di Papua.” Dokumen “Anatomi Separatis Papua” mendaftar enam halaman para politisi asing, pegawai pemerintahan, akademisidan jurnalis yang dituduh mendukung gerakan kemerdekaan Papua dan dianggap melakukan internasionalisasi “masalah Papua.” Daftar itu termasuk mantan senator Amerika Serikat Edward Kennedy, Russ Feingold, Patrick Leahy, Barbara Boxer, dan Dianne Feinstein. Juga ada nama Uskup Desmond Tutu dari Afrika Selatan dan Bob Brown, Pemimpin Parlemen dari Australian Greens (http://en.wikipedia.org/wiki/Australian_Greens), dan Lord Avebury serta Jeremy Corbyn, anggota parlemen Inggris. Ia juga menyebutkan nama mantan perdana menteri Papua New-Guinea, Sir Michael Somare, dan mantan Menteri Luar Negeri Vanuatu Sir Borak Sope. Secara keseluruhan, ada 248 politisi, akademisi, enviromentalis, seniman, dan pendetadari Kanada, Selandia Baru, Australia, Inggris, Jerman, Finlandia, Irlandia, Uni Eropa, PNG, dan Vanuatu—dan menyebutmereka “pendukung separatis Papua.”